Émanation de ses fondateurs, Université Paris-Est est dotée d'une gouvernance prenant des décisions stratégiques.
Université Paris-Est, comme établissement public de coopération scientifique (EPCS), est placé sous la double tutelle du ministère de l’enseignement supérieur et de la Recherche et du ministère de l’Écologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement (MEDDTL).
Elle est administrée par un Conseil d’administration où les membres fondateurs ont la majorité et où sont représentés les membres associés ainsi que les personnels contribuant à son fonctionnement. Y assistent en tant que représentants des tutelles, le recteur et le secrétaire général du MEDDTL.
Soutenue par ses deux ministères de tutelle, elle l'est également par le ministère de la Culture et de la Communication ainsi que par la Chambre de commerce et d'industrie de Paris.
Elle regroupe des écoles, universités et organismes de recherche articulés avec les pôles de compétitivité : AdvanCity Ville et Mobilité Durables, Medicen, Cap Digital et Systematics.
Elle bénéficie également d'une association privilégiée avec l'EPCS ParisTech.
