Au 1^er janvier 2010, six nouvelles écoles doctorales, correspondant aux six  départements scientifiques du PRES, ont été mises en place aprés évaluation de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES)

Le Département des Études Doctorales (DED) conduit les actions de formation doctorale de l'établissement. Il est garant de la bonne intégration des doctorants dans une équipe de recherche et de leur insertion professionnelle future. Pour cela, il organise des formations visant à garantir l'acquisition d'un bon niveau en langues, d'une culture générale et du monde de l'entreprise, ainsi qu'une bonne préparation au marché du travail : Doctoriales, bilan de compétences, aide à l'insertion en entreprise.

Le Département des Études Doctorales incite et soutient la mobilité internationale des doctorants (bourses appui aux co-tutelles, bourses de mobilité...)

Université Paris-Est est structurée en départements, espaces de coopérations scientifiques entre les équipes de recherche correspondant au périmètre de ses écoles doctorales, centrés sur des orientations thématiques pluridisciplinaires à finalités sociales fortes avec des liens importants entre modélisation et expérimentation, recherche fondamentale et recherche finalisée, aussi bien dans les sciences de la matière que du vivant, que des sciences humaines et sociales.

La coordination de la politique scientifique des établissements membres vise dès lors à accroître les moyens, la visibilité internationale et l’attractivité de leur recherche de favoriser les échanges entre unités de recherche, de susciter des projets communs.