Le PRES est dirigé par un président élu par le conseil d’administration en son sein pour un mandat de 3 ans renouvelable.
Il est administré par un conseil d’administration dans lequel les membres fondateurs ont la majorité et où sont représentés les membres associés, ainsi que les doctorants et les personnels contribuant à son fonctionnement (enseignants et chercheurs, personnels administratifs et techniques).
Le premier Président d'Université Paris-Est (de 2007 à 2010) est Yves Lichtenberger.
Son successeur, Bernard Saint-Girons, a été élu Président d'Université Paris-Est lors du conseil d'administration du 12 avril 2010.
