Le PRES "Université Paris Est" est l'établissement porteur de l'école doctorale. Par convention de partenariat, les Écoles Nationales Supérieures d'Architecture de Paris Belleville et de Paris Malaquais deviennent membres associés au PRES. L’École Nationale Supérieure d'Architecture de Paris La Villette est établissement associé à l'école doctorale.

Le PRES "Université Paris Est" a choisi de faire émerger, en son sein, un Pôle "Ville, Ingénierie, Environnement", compte tenu du grand nombre d'institutions qui le constituent et qui ont investi sur ces sujets. L'école doctorale est un élément fort de ce Pôle et elle tire parti de cette dynamique scientifique pour proposer aux doctorants des sujets de thèse innovants scientifiquement aussi bien qu'à l'interface avec le monde professionnel.

Cette école doctorale est originale dans son positionnement car elle est la seule qui affiche la thématique de la ville, des transports et des territoires comme son propos central.